R package:blupADC-功能3

Overview

👦 品种成分分析一直以来都是数据分析中的一个难题。blupADC 为用户提供了geno_check 函数，使得用户能够方便的解决这个问题。此外，用户还可以用这个函数进行基因型数据的重复性检测。

示例

品种成分分析

library(blupADC)
check_result=geno_check(
                  input_data_hmp=example_PCA_data_hmp,   #provided hapmap data object
                  duplication_check=FALSE,       #whether check the duplication of genotype
                  breed_check=TRUE,              # whether check the record of breed
                  breed_record=example_PCA_Breed,        # provided breed record
                  return_result=TRUE             #return result 
                  )

重复性检测

library(blupADC)
check_result=geno_check(
                  input_data_hmp=example_data_hmp,   #provided hapmap data object
                  duplication_threshold=0.95, #threshold of duplication
                  duplication_check=TRUE,    #whether check the duplication of genotype
                  breed_check=FALSE,         # whether check the record of breed
                  return_result=TRUE         #return result 
                  )

输出

输出的结果主要包括以下两个部分，如下：

• duplicated_genotype

第一列和第二列为个体名称，第三列为重复的比例

• pca_outlier

图A是进行品种分析前的品种记录，图B是进行品种分析后(可以理解为对错误的品种记录数据进行纠正)的品种记录

参数

geno_check 函数中的许多参数均与 geno_format 函数中一致。故此，接下来我们将主要介绍 geno_check 函数中独有的参数see more details).

• 1：selected_snps

进行基因型数据重复性检测时，所选用的SNP数目， numeric 类型. 默认 为 1000.

• 2：overlap_threshold

判定两个个体为重复的阈值, numeric 类型. 默认 为 0.95.

• 3：duplication_check

是否进行基因型数据重复性检测, logical 类型. 默认为 TRUE.

• 4：breed_check

是否进行品种分析, logical 类型. 默认为 FALSE.

• 5：ind_breed

个体的品种记录数据，data.frame 类型.

ind_breed 数据格式如下所示: