R package:blupADC-功能3

简介

🦄大家好,这一节主要给大家讲述的是如何使用blupADC中的函数来进行系谱数据处理。blupADC提供的trace_pedigree函数，可以帮助我们非常方便的对系谱数据进行多种处理:包括系谱重命名、系谱追溯及系谱纠错等。

示例

💖同样的，我们还是用一个小例子来简单的看下该函数的用法

library(blupADC)
pedigree_result=trace_pedigree(
                input_pedigree=origin_pedigree,   #provided pedigree data object
                output_pedigree_tree=TRUE  # output pedigree tree
                )                 

我们可以通过str查看函数的输出结果，如下所示:

str(pedigree_result)
## List of 5
##  $ ped          : chr [1:15945, 1:3] "DD19348310" "DD19386807" "DD19119705" "DD16007415" ...
##   ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
##   .. ..$ : NULL
##   .. ..$ : chr [1:3] "Offspring" "Sire" "Dam"
##  $ rename_ped   :'data.frame':	15945 obs. of  6 variables:
##   ..$ Offspring   : chr [1:15945] "DD19348310" "DD19386807" "DD19119705" "DD16007415" ...
##   ..$ Generation  : num [1:15945] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
##   ..$ Offspring_Id: int [1:15945] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ...
##   ..$ Sire_Id     : num [1:15945] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
##   ..$ Dam_Id      : num [1:15945] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
##   ..$ Order       : int [1:15945] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ...
##  $ pedigree_tree: chr [1:15945, 1:15] "DD19348310" "DD19386807" "DD19119705" "DD16007415" ...
##   ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
##   .. ..$ : NULL
##   .. ..$ : chr [1:15] "Offspring" "Sire" "Dam" "SireSire" ...
##  $ error_id_set :List of 4
##   ..$ error_duplicated_id: chr [1:24] "DD19119705" "DD20488904" "DD20153801" "DD20376912" ...
##   ..$ error_sex_id: chr "DD13006182"
##   ..$ error_breed_id: NULL
##   ..$ error_birth_date_id: NULL

可以很明显的看到,输出结果包括以下几个部分:

• ped: 经过处理后(纠错、追溯等)的原始系谱数据且未进行重命名
• rename_ped: 经过处理(纠错、追溯等)且重命名的系谱数据。第1列为原始系谱ID,第2列为个体在系谱中的代数，第3-5列为重命名后的系谱数据
• pedigree_tree:个体的系谱树矩阵。可以通过设置 pedigree_tree_depth指定系谱树包含的代数，默认不输出系谱树(节省时间)
• error_id_set: 系谱记录错误个体数据集。根据错误的种类可以分为以下4个子集
  • error_duplicated_id: 相同的个体，父母却不相同
  • error_sex_id: 个体同时出现在父亲列和母亲列
  • error_breed_id: 个体和父母的品种不相同(仅针对特殊格式)
  • error_birth_date_id: 个体的出生日期要早于父母的出生日期(需在系谱的第四列提供个体的出生日期)

下面，我们将具体讲解trace_pedigree函数中各种参数的含义:

参数详解

💥基础参数

• 参数1：input_pedigree

用户提供的系谱数据，data.frame或 matrix类型。

💌用户提供系谱数据需为以下几种格式中的一种，包括：

• 3列系谱格式:

• 4列系谱格式:

• 多列系谱格式:

Note:需要注意的是，当系谱为多列时，系谱的列名需要标注为特殊形式,e.g. SireSire:父亲的父亲, SirSireSire:父亲的父亲的父亲

系谱数据中缺失值可以设置为: NA或0。

同样的，为了便于用户操作，用户还可以直接提供本地系谱数据的路径和名称

• 参数2：input_pedigree_path

本地系谱数据的路径,character类型。

• 参数3：input_pedigree_name

本地系谱数据的名称，character类型。

• 参数4：pedigree_format_conversion

是否将提供的多列系谱转换到3列，logical类型。如果用户提供的系谱数据包含多列，那么用户必须设置pedigree_format_conversion=TRUE 。

• 参数5：output_pedigree_type

系谱输出的格式，character类型。可选格式包括: BLUPF90, DMU 及 Normal(未重命名)。

• 参数6：output_pedigree_path

系谱输出到本地的路径，character类型。

• 参数7：output_pedigree_name

系谱输出到本地的名称，character类型。

💨进阶参数

• 参数8：dup_error_check

检查相同个体的父母却不相同的错误，logical类型，默认为TRUE。

• 参数9：sex_error_check

检查个体同时出现在父亲列和母亲列的错误，logical类型，默认为TRUE。

• 参数10：breed_error_check

检查个体品种与父母品种不同的错误，logical类型，默认为FALSE。

• 参数11：birth_date_error_check

检查个体出生日期早于父母的错误，logical类型，默认为FALSE。

• 参数12：trace_id

追溯系谱记录的个体号，character类型，默认为NULL(追溯系谱中所有的个体)。

• 参数13：trace_offspring

是否追溯子代，logical类型，默认为FALSE。

• 参数14：trace_generation

追溯的代数，numeric类型，默认为5。

• 参数15：trace_birth_date

追溯出生日期晚于指定日期的个体，character类型。

• 参数16：output_pedigree_tree

是否输出系谱树，logical类型，默认为FALSE。

• 参数17：pedigree_tree_depth

系谱树的深度(系谱代数)，numeric类型，默认为3。