shiny-blupADC 1

Basic information

• Number of trait: 要分析的性状的数目
• Number of integer variable: 表型数据中，整型变量的个数
• Name of genetic effect: 遗传效应的名称(一般为动植物个体Id)
• Upload colnames of phenotype data: 上传表型数据的列名文件。文件格式如下所示：

Note: 列名文件的格式为：n行1列。每行代表的是表型数据的列名。

File path and name

• Relationship file path: 亲缘关系文件的路径

• Relationship file name: 亲缘关系文件的名称。

  针对不同的Analysis model，我们需要提供不同的亲缘关系文件。具体对应关系为：

  • PBLUP_A: 亲缘关系文件为系谱文件
  • GBLUP_A: 亲缘关系文件为基因组亲缘关系矩阵的逆矩阵文件
  • GBLUP_AD: 亲缘关系文件为基因组亲缘关系矩阵的逆矩阵文件
  • SSBLUP_A: 亲缘关系文件为系谱文件及基因组亲缘关系矩阵文件

• Phenotype file path: 表型文件的路径

• Phenotype file name: 表型文件的名称

DMU parameter

• DMU module: DMU进行遗传评估时所选用的模块，默认为 dmuai 。

• DMU algorithm code: 方差组分估计所用的算法，默认为 1。

• Analysis model: 进行遗传评估所选用的模型。可选模型包括：

  • PBLUP_A: 系谱加性效应模型
  • GBLUP_A: 基因组加性效应模型
  • GBLUP_AD:基因组加性-显性效应模型
  • SSBLUP_A:一步法加性效应模型

当用户上传表型数据的列名文件后，当前界面内便会新增几个窗口，如下：

用户可以通过设置Number of trait来调整小窗口的个数。

e.g. 当设置Number of trait为3时，就会生成3个小窗口，如下所示：

用户可以在窗口内输入想要分析的性状名称及对应的固定效应、随机效应和协变量效应的名称。为了方便用户输入，选择性状和效应名称时可通过下拉菜单选取，如下：

下面以一个具体的例子进行说明：

e.g. 想要分析的性状为：ADG ;

固定效应包括： Sex 和 Breed;

随机效应包括Id ;

协变量效应包括：Age_at_off_test。

那么我们只需要在窗口内输入对应的信息即可，如下：

输入完相应的效应后，在界面的正下方会实时显示所生成的 dir 参数文件内容，如下所示：

用户可以通过下方的 Download DIR按键即可将生成的 dir 文件下载到本地。

Phenotype

• Upload colnames of phenotype data: 上传表型数据的列名文件。
• Upload phenotype data: 上传表型数据文件

DEBV(可选:当需要计算DEBV时，才需要上传相应的文件。)

• Upload pedigree file: 上传系谱数据文件
• Upload subset id: 上传需要计算DEBV的个体号数据文件

DMU result

• Upload SOL file: 上传DMU输出的SOL文件
• Upload RESIDUAL file: 上传DMU输出的RESIDUAL文件
• Upload PAROUT file: 上传DMU输出的PAROUT 文件

和之前的类似，当我们上传了表型数据的列名文件后，当前界面内同样会新增几个窗口，如下：

当我们输入了对应的性状名称后，界面正下方就会以表格的形式 实时显示 个体对应的EBV, 残差，校正表型和 DEBV，如下：

用户可以在表格内轻松的完成查询、排序等操作。

用户可以通过下方的 Download corrected phe按键即可将校正表型文件下载到本地。