R package:blupADC-使用说明3

🦄大家好,这一节主要给大家讲述的是如何使用blupADC中的函数来进行系谱数据处理。blupADC提供的trace_pedigree函数，可以帮助我们非常方便的对系谱数据进行多种处理:包括系谱重命名、系谱追溯及系谱纠错等。

💖同样的，我们还是用一个小例子来简单的看下该函数的用法

library(blupADC)
## 载入需要的程辑包：data.table
## 载入需要的程辑包：Rcpp
## 载入需要的程辑包：RcppArmadillo
pedigree_result=trace_pedigree(
                input_pedigree=origin_pedigree,   #provided pedigree data object
                output_pedigree_tree=TRUE  # output pedigree tree
                )                 
## Peidgree provided has three columns,please make sure the format of pedigree_data has three columns: Offspring Sire Dam  
## Found duplicated id error: offsprings with  same id but have different sire or dam records, records of sire and dam would be treated as missing value 
## Found sex error: ids in the sire column also appear in the dam column, these ids would be treated as missing value  
## Trace full generation......

我们可以通过str查看函数的输出结果，如下所示:

str(pedigree_result)
## List of 5
##  $ ped          : chr [1:15945, 1:3] "DD19348310" "DD19386807" "DD19119705" "DD16007415" ...
##   ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
##   .. ..$ : NULL
##   .. ..$ : chr [1:3] "Offspring" "Sire" "Dam"
##  $ rename_ped   :'data.frame':   15945 obs. of  6 variables:
##   ..$ Offspring   : chr [1:15945] "DD19348310" "DD19386807" "DD19119705" "DD16007415" ...
##   ..$ Generation  : num [1:15945] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
##   ..$ Offspring_Id: int [1:15945] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ...
##   ..$ Sire_Id     : num [1:15945] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
##   ..$ Dam_Id      : num [1:15945] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
##   ..$ Order       : int [1:15945] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ...
##  $ pedigree_tree: chr [1:15945, 1:15] "DD19348310" "DD19386807" "DD19119705" "DD16007415" ...
##   ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
##   .. ..$ : NULL
##   .. ..$ : chr [1:15] "Offspring" "Sire" "Dam" "SireSire" ...
##  $ error_id_set :List of 4
##   ..$ OOO0OOO0OOOOO0OOOOOO: chr [1:24] "DD19119705" "DD20488904" "DD20153801" "DD20376912" ...
##   ..$ O0O0O0O0OOO0O0O0OOOO: chr "DD13006182"
##   ..$ OOOOOOO0O0O0O0O0O0OO: NULL
##   ..$ O0O0O0OOOOOOOOO0OOO0: NULL
##  $ sibs         :List of 2
##   ..$ group_full_sibs      : NULL
##   ..$ family_size_full_sibs: NULL

可以很明显的看到,输出结果包括以下几个部分:

• ped: 经过处理后(纠错、追溯等)的原始系谱数据且未进行重命名

• rename_ped: 经过处理(纠错、追溯等)且重命名的系谱数据。第1列为原始系谱ID,第2列为个体在系谱中的代数，第3-5列为重命名后的系谱数据

• pedigree_tree:个体的系谱树矩阵。可以通过设置 pedigree_tree_depth指定系谱树包含的代数，默认不输出系谱树(节省时间)

• error_id_set:系谱记录错误个体数据集。根据错误的种类可以分为以下4个子集

1. error_duplicated_id:相同的个体，父母却不相同

2. error_sex_id:个体同时出现在父亲列和母亲列

3. error_breed_id: 个体和父母的品种不相同(仅针对特殊格式)

4. error_birth_date_id: 个体的出生日期要早于父母的出生日期(需在系谱的第四列提供个体的出生日期)

下面，我们将具体讲解trace_pedigree函数中各种参数的含义: